1998年，重庆市政府宣布将建设市中心区到新山村的轨道交通路线，线路规划在李子坝建站，与此同时，在李子坝相同地点，一栋居民楼建造计划已敲定。一道难题摆在轨道交通公司和房屋建筑商面前，究竟是车让楼还是楼让车，讨论再三，两个公司决定，楼和轨道车站同时建；同年5月，设计团队受房屋建筑商委托进行设计，图纸大稿至少改了6版，才最终确定设计方案。1999年，为了论证设计方案对居民楼没有噪音和振动等影响，设计团队委托法国的一家建筑设计咨询分析公司，对方派出一名德国工程师来到重庆，经过软件测试，并建模动态分析，出具了设计方案可行的分析性报告。2000年，李子坝站和楼房同时动工建设。2004年3月，李子坝站建成；同年12月11日，李子坝站开始观光运行。2005年6月18日，李子坝站开通试运营。2019年9月9日，重庆轨道交通2号线李子坝站完成扩容改造。2020年11月8日晚，李子坝站进行景观灯饰测试工作。